農林水産省が農村の実態把握のため、5年ごとに実施してきた「農業集落調査」が騒動の渦中にある。「調査の負担が重すぎる」と農水省が昨夏、調査廃止を打ち出したことに学術界が猛反発。農水省は方法を変更して調査を継続する方針を打ち出しているが、研究者側からは「従来調査との連続性がない」と反発の声はやまず、議論が長引いている。

　農水省が調査廃止に言及した理由は「個人情報保護を理由に市町村から情報提供を断られているため」。これについて、研究者側は「自治体を説得する努力が足りない」と批判し、調査主体を国から地方自治体に変更するアイデアなども提案。しかし、農水省は「自治体は業務がいっぱいだ。そんなことをしたら総務省が黙っていない」（幹部）と否定的だ。