幕末の幕府直轄教育機関には、国学と漢学を学ぶ昌平坂学問所、洋学の開成所、医学の医学所の三つがあった。

　これらは慶応４（１８６８）年５月頃に新政府によって接収された後、６月から９月にかけて昌平学校（本校）、開成学校、医学校として順次再開されたが、翌明治２（１８６９）年１月、制度を改めて頭取・教授が置かれ、仕切り直して新政府の教育機関として開校された。

　明治２年の12月に入ると再び制度が改正されて本校は大学に、開成所は大学の南にあったので大学南校となり、東にあった医学所は大学東校となった。